Математические модели в естественнонаучном образовании. Том II. Денис Владимирович Соломатин
Чтение книги онлайн.

Читать онлайн книгу Математические модели в естественнонаучном образовании. Том II - Денис Владимирович Соломатин страница 7

СКАЧАТЬ работу алгоритма на примере. Будем использовать данные о расстоянии, приведенные в таблице 5.4.

      Таблица 5.4.  Расстояния между таксонами

                 .31         1.01       .75         1.03

                               1.00       .69         .90

                                              .61         .42

                                                             .37

      Начинаем с выбора ближайшей пары таксонов для присоединения, как это делали в UPGMA. Глядя на таблицу расстояний,

 и
 и
 до
 до
 оно равно
. Это дает таблицу 5.5.

      Таблица 5.5.  Расстояния между группами; FM-алгоритм, шаг 1a

                 .31         .93

                               .863

      Имея только три таксона в этой таблице, можем точно подогнать данные к дереву, используя 3-точечные формулы, чтобы получить рисунок 5.10. Ключевым моментом здесь является то, что 3-точечные формулы, в отличие от UPGMA, могут давать неравные расстояния таксонов от общего предка.

      Рисунок 5.10. FM-алгоритм; шаг 1.

      Теперь оставляем только ребра, заканчивающиеся в

 и
 и
, объединяем их в группу для остальной части алгоритма, как сделали бы с UPGMA. Это формирует таблицу 5.6.

      Таблица 5.6.  Расстояния между группами; FM-алгоритм, шаг 1b

         1.005     .72         .965

                               .61         .42

                                              .37

      Снова ищем ближайшую пару (теперь это

 и
 и
, в одну временную группу
 и вычисляем расстояния СКАЧАТЬ