Теория Большого взрыва. Наука в сериале. Дэйв Зобель

Чтение книги онлайн.

      эврика! @ caltech.edu

      Форма всегда следует за функциональностью

      Когда вы имеете дело с большими и сложными молекулами вроде белка, здесь все будет упираться в углы. Белки – это строительные кирпичи клетки: они дают ей структуру, заставляют молекулы взаимодействовать, растягивая их в линию, и передают сигналы. Они состоят из аминокислотных цепей, которые отказываются лежать спокойно, а складываются, выворачиваются и сворачиваются в причудливые формы, наподобие тех кривобоких скрученных гадов, созданных воображением детсадовца из разноцветной проволоки. И это плюс, потому что именно физическая структура каждого белка и дает ему его способности.

      В последние годы ученые модифицировали существующие аминокислоты и создали невиданные до этого протеины для выполнения особых задач. Азурит, совершенно новый долгоживущий ярко-синий флуоресцентный белок, был создан путем небольшого изменения некоторых аминокислот в зеленых флуоресцентных белках, которые очень удачно были названы «зелеными флуоресцентными белками» (ЗФБ). Прямое воздействие на последовательность оснований позволило моделировать такие свойства, как стабильность и устойчивость к высоким температурам, непосредственно в их структуру.

      Будут ли белки вести себя так, как было задумано при их создании, зависит от того, как они укладываются, что в свою очередь определяется электромагнитными полями между аминокислотами. Их трудно просчитать, и архитекторы новых белков всегда ищут способ попроще, но в настоящее время компьютеризированный дизайн белков – это наука напополам с искусством. Соединение фрагментов оснований, скопированных из базы уже существующих компонентов, является более эффективным подходом, чем беспорядочное смешение аминокислот или, еще хуже, работа с чистого листа. Белковые цепочки обычно состоят из сотен аминокислот, и каждое звено может быть создано из нескольких десятков вариантов. Это дает множество возможностей.

      Стив Мейо, одна из светлых голов, ответственных за создание азурита, является деканом факультета биологии и биоинженерии Калтеха и мастером укладки белков. Он разрабатывает процесс автоматизации построения новых дизайнов белков, который не требует большого количества удачи.

      Как только подходящий рецепт найден, уже несложно замесить пробу для тестирования: нужно просто создать цепочку ДНК с необходимой последовательностью аминокислот, соединить ее с бактерией E. coli и позволить природе позаботиться о создании конвейера по созданию белка. Единственная сложность – это сам дизайн.