2 ранга. В феврале 1798 года награждается орденом Св. Анны 3 степени. В ноябре 1799 года Гамалея был произведен в капитаны 1 ранга, а в январе 1800 года награждается орденом Св. Анны 2 степени. В 1802 году утверждается в должности инспектора классов Морского корпуса. Поражает размах и всесторонность его деятельности. Он пишет учебники по математике и физике, механике и оптике, навигации и кораблевождению, судостроению, астрономии и метеорологии, истории флота. Многие из них вышли за рамки простых учебников. По своей полноте и систематичности изложения они стояли гораздо выше имеющихся трудов в России и за рубежом. Его называли «Ломоносовым военно-морского флота». Много сил отдает Платон Яковлевич борьбе за внедрение в жизнь передовых идей отечественных и зарубежных ученых. Переводит с английского «Сокращенную оптику» Смита (1803), добавив к ней свои разделы: «Теория ахроматических труб» и «История оптики». Научная работа принесла ему славу и уважение. В 1801 году его избирают почетным членом Императорской академии наук, в 1805 году – членом Государственного Адмиралтейского департамента Морского министерства и членом его ученого комитета. Руководство корпуса дает ему высокую оценку: «Должность исправляет с отличным усердием и успехами, ведет себя как должно благородному человеку». 22 (10) декабря 1804 года он удостаивается звания капитан-командор. В 1808 году Платон Яковлевич избирается действительным членом Российской академии наук и членом Вольного экономического общества. За заслуги перед Отечеством Гамалея награждается орденами: Св. Анны 3 ст. (1798), Св. Анны 2 ст. (1800), Св. Владимира 3 ст. (1811). Многогранный, самоотверженный научный труд окончательно подорвал его здоровье. Болезнь глаз и туберкулез вынудили оставить любимую работу, и в 1809 году по Высочайшему повелению уходит в четырехмесячный отпуск в Полтавскую губернию с оставлением полного жалованья. В 1811 году, в связи с полным расстройством здоровья, Гамалея увольняется со службы с награждением орденом Св. Владимира 3 степени и покидает Петербург. Брат Николай, который был в то время уездным судьей в Борзне, помогает Платону Яковлевичу приобрести небольшое поместье в селе Лысогоры Борзнянского уезда Черниговской губернии (ныне село Южненского сельского совета Ичнянского района Черниговской области). Тут он прожил шесть лет. С собой на Черниговщину он привез большую библиотеку и небольшой ботик, на котором любил выходить в плавание. Посадил и вырастил большой сад, на свои деньги построил в селе церковь, названную благодарными прихожанами церковью Платона Великомученика. Вместе с селянами ученый с мировым именем ходил пешком в Киев, в Печерскую лавру… Последние годы своей жизни он доживал одиноким, часто болел. Умер Платон Яковлевич Гамалея на 51-м году жизни, 21 (09) июля 1817 года, похоронен на сельском кладбище в Лысогорах. На его могиле был поставлен каменный крест с большим чугунным якорем».
